反激变压器起点的问题

之前一直以为哪一端为起点只对EMI有影响,而对其它应该没有影响.也听过很多朋友说接MOS D极应该先经绕,即为起始端.收线为大电容这边.似乎也很有道理.而这样做出来的东西也没问题.但在一次我把变压器通过接线焊在PCB上时发现这样接法和直接装在PCB上时反馈绕组的电压在满载的时候会有很大的差异.不禁对原来的想法开始产生怀疑.大电容正极为起点和为收线点倒底有什么差异呢?希望有经验的人士能说说.