水利水电工程通常不直接产生污染问题，属非污染生态项目，其影响的对象主要为区域生态环境。水利水电工程的环境影响区域一般可分为库区、大坝施工区、坝下游区。库区的环境影响主要源于水库淹没和移民安置、水库水文情势的变化，受影响最大和最为重要的通常是生物多样性、水质、水温、环境地质、景观、人群健康、土壤侵蚀、土地利用、社会经济等因子，受影响的性质多数为不利影响；坝下游区的环境影响主要源于大坝调蓄引起的水文情势变化，受影响的主要是水文、河势、水温、水质、水生生物、湿地资源、入海河口生态环境、社会经济等因子，影响的性质有利有弊，影响的时间一般是长期的，影响的范围因区域的特点不同各异，有时可延伸至河口区。水利水电工程的环境影响，有些是不可避免的，有些通过采取一定的措施可以避免或减小。水利水电工程环境管理是避免或减小工程不利环境影响的有效方式，而环境监测则可为工程的环境管理提供依据。因此，制订水利水电工程的环境管理与监测计划是工程规划和设计的重要内容，在项目可行性研究阶段的环境影响报告书和初步设计阶段的环境保护初步设计中均需要详细地拟订并列出有关内容。
2 水利水电工程对环境影响的具体问题分析
2.1 因水库淹没，库区移民安置中毁林开荒将造成水土流失。因安置不当及生活环境改变，移民生活不安定会产生一些社会问题。在我国人多、耕地少的条件下，应尽量减少水库的淹没损失，对库区内尽在高水位时才被淹没的土地适当采取措施加以利用。
2.2 水库蓄水后，有可能引起库岸崩坍，诱发地震等。此外，河流情势变化对坝下与河口水体生态环境产生潜在影响。岸坡浸水后，岩体的抗剪强度降低，在水库水位降落时，有可能因丧失稳定而坍滑。将给工程的正常施工和运行带来极为不利的后果。
2.3 水库蓄水后，会引起库周围地下水位抬高，导致土地盐碱化等。
2.4 水库蓄水后，因水流变缓，水体稀释扩散能力降低，水体中污染物浓度增加，库尾与一些库湾易发生富营养化。
2.5 一些水库蓄水后，水温结构发生变化，可能出现分层，对下游农作物产生危害。
2.6 水库淹没会影响陆生生物的生活环境；修坝对水生生物特别是洄游性鱼类将产生直接影响。
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