protel99SE和powerPCB4.0为何不能同装在一台电脑里？

因为你安装powerpcb以后在系统里面扩展名为.pcb的文件变成了用powerpcb来打开。

怎样处理才能用PROTEL99打开？

打开一个资源管理器窗口
[工具]->[文件夹选项]->[文件类型]->在[已注册的文件类型]里面找扩展名为.pcb的文件，把打开方式更改成protel，
或者
按住键盘shift键同时用右键单击扩展名为.pcb的文件，在弹出的菜单里选择[打开方式]，然后[选择应用程序]，选上protel, 勾选[始终用该程序打开]的选项，[确定]。应该就可以了。

上面有的选项名称是从英文翻译过来的，在中文系统里可能会有点区别，将就看吧。