鉴于雷击导致的故障，东日本旅客铁道一位人士表示，新干线车厢遭雷击的时候，工作人通过关闭电闸或搁置车厢等方式将电气导向地面，以保护相关机械，并且确认无异常后再恢复原状。此外，根据上述的JR九州人士的说明，一旦新干线的电线或信号灯遭到雷击，将使用备用电源来发出红灯。
另外，从1964年起，东海道新干线通车上的列车自动控制系统（Automatic Train Control，ATC）一直在防止追尾事故上发挥重要角色。
上述的JR九州人士解释，自动控制系统能够根据与前方列车的距离进行计算，向新干线车厢发出各种信号，受到信号后，车体会自动刹车。在此同时，司机亦可能踩下刹车。同样，新干线一旦发觉包括雷击在内的异常，整个电车就会自动停止。新干线管理工作人每日都对头班车的ATC进行检查。倘若ATC出现故障，新干线根本无法运行。
除此之外，10至15名的指挥官一般会在中心指挥站监视新干线运行情况。例如，下大雨时，他们会给予慢速行驶等指示，并且保证各辆新干线按时行驶。
